Chi nhánh đầu tiên ở tỉnh khác có thể vận hành với một đầu mối kế toán ở trụ sở nếu chọn mô hình hạch toán phụ thuộc, thống nhất ngay từ đầu ai xuất hoá đơn, chứng từ đi về trụ sở theo nhịp nào, và nắm rõ nghĩa vụ thuế nào khai tại trụ sở, nghĩa vụ nào phải khai hoặc phân bổ cho địa phương nơi chi nhánh đặt. Phần lớn rắc rối của chi nhánh đầu tiên đến từ việc không ai quyết những điều này trước ngày mở cửa.
Từ 1/7/2025 cả nước còn 34 tỉnh, thành phố và cơ quan thuế tổ chức theo ba cấp: Cục Thuế, Thuế tỉnh, thành phố và Thuế cơ sở. Một số địa điểm trước đây là “khác tỉnh” nay đã cùng tỉnh, nên trước khi làm thủ tục, hãy xác định lại chi nhánh dự kiến thuộc cơ quan thuế nào.
Hạch toán phụ thuộc hay độc lập: chọn theo sức người
| Phụ thuộc | Độc lập | |
|---|---|---|
| Sổ sách | Trụ sở ghi sổ chung | Chi nhánh có bộ sổ riêng |
| Nhân sự kế toán | Không bắt buộc kế toán tại chỗ | Cần người làm sổ tại chi nhánh |
| Thuế thu nhập doanh nghiệp | Trụ sở quyết toán chung | Có thể phát sinh khai riêng theo quy định |
| Phù hợp khi | Chi nhánh nhỏ, mới mở | Chi nhánh lớn, quản lý tách bạch |
Với chi nhánh đầu tiên, phụ thuộc gần như luôn là lựa chọn nhẹ hơn. Có thể chuyển sang độc lập sau khi chi nhánh đủ lớn. Dù chọn gì, ghi rõ vào quyết định thành lập chi nhánh và quy chế nội bộ.
Đăng ký thuế cho chi nhánh
Chi nhánh là đơn vị phụ thuộc, được cấp mã số thuế của đơn vị phụ thuộc gắn với mã số của công ty. Thủ tục đi cùng với đăng ký hoạt động chi nhánh qua hệ thống đăng ký doanh nghiệp. Sau đó chi nhánh cần:
- Chữ ký số và tài khoản thuế điện tử nếu chi nhánh tự khai một số loại thuế.
- Tài khoản ngân hàng riêng nếu chi nhánh thu chi tại chỗ; không bắt buộc nếu mọi luồng tiền đi qua trụ sở.
- Kiểm tra trên trang tra cứu xem chi nhánh do cơ quan thuế nào quản lý.
Thủ tục đăng ký thuế chi tiết hiện theo Thông tư 90/2026/TT-BTC có hiệu lực từ 1/7/2026; đọc phần về đơn vị phụ thuộc trước khi nộp hồ sơ.
Nơi khai: trụ sở khai chung hay chi nhánh tự khai
Nguyên tắc chung trong quy định về quản lý thuế: người nộp thuế khai tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp. Với đơn vị phụ thuộc ở địa bàn cấp tỉnh khác, một số loại thuế được khai tập trung tại trụ sở nhưng phải xác định số thuế phải nộp cho từng địa phương nơi có đơn vị phụ thuộc; một số trường hợp khác đơn vị phụ thuộc tự khai. Cách áp dụng phụ thuộc loại thuế, loại hoạt động và mô hình hạch toán.
Khung pháp lý là Luật Quản lý thuế 38/2019/QH14 cùng văn bản hướng dẫn — nay là Nghị định 252/2026/NĐ-CP và Thông tư 89/2026/TT-BTC. Trước khi chi nhánh phát sinh doanh thu, kế toán nên lập một bảng: loại thuế nào khai ở đâu, theo kỳ nào, số liệu lấy từ đâu. Nếu chưa chắc, hỏi cơ quan thuế quản lý trụ sở bằng văn bản và lưu câu trả lời.
Ai xuất hoá đơn và chứng từ đi về thế nào
Chi nhánh có thể dùng hoá đơn điện tử riêng hoặc dùng hoá đơn của trụ sở, tuỳ cách đăng ký. Điều quan trọng hơn là thống nhất:
- Hoá đơn bán ra tại chi nhánh do ai lập, ghi tên đơn vị nào.
- Hoá đơn mua vào cho chi nhánh ghi tên công ty hay chi nhánh.
- Chứng từ gốc (hợp đồng, phiếu giao nhận, chứng từ thanh toán) gửi về trụ sở chậm nhất ngày nào mỗi tháng.
Nhịp hợp lý cho chi nhánh nhỏ: chụp và đẩy chứng từ lên thư mục chung ngay trong ngày, gửi bản giấy về trụ sở mỗi tuần hoặc mỗi tháng. Kế toán trụ sở tải hoá đơn trên cổng hoá đơn điện tử cuối tháng để đối chiếu với chứng từ chi nhánh gửi.
Hàng chuyển giữa trụ sở và chi nhánh
Khi trụ sở chuyển hàng cho chi nhánh để bán, cần chứng từ điều chuyển nội bộ phù hợp — phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ hoặc hoá đơn tuỳ trường hợp theo quy định về hoá đơn, chứng từ. Nghị định 123/2020/NĐ-CP và văn bản sửa đổi, cùng Nghị định 254/2026/NĐ-CP về hoá đơn, chứng từ điện tử là nơi tra.
Lỗi hay gặp: chuyển hàng không có chứng từ, rồi chi nhánh bán ra, kho chi nhánh âm trên sổ. Đến khi kiểm kê hoặc bị kiểm tra, rất khó giải thích hàng từ đâu. Làm chứng từ điều chuyển mỗi lần giao là cách rẻ nhất để kho luôn khớp.
Người ở chi nhánh: lương, khấu trừ và bảo hiểm
Người lao động ở chi nhánh ký hợp đồng với công ty (hoặc chi nhánh nếu được uỷ quyền). Thuế thu nhập cá nhân khấu trừ từ lương có thể khai tại trụ sở hoặc phải xác định cho địa phương nơi người lao động làm việc tuỳ quy định hiện hành về đơn vị phụ thuộc khác tỉnh. Kế toán cần đánh dấu từng người thuộc chi nhánh nào ngay trong bảng lương để khi cần tách là tách được.
Tự kiểm tra ở đâu: trang tra cứu thông tin người nộp thuế để xem mã của chi nhánh và cơ quan thuế quản lý; tài khoản thuế điện tử của công ty và chi nhánh để xem tờ khai phải nộp; cổng hoá đơn điện tử để đối chiếu hoá đơn. Muốn hiểu thêm về cách tổ chức đơn vị phụ thuộc, xem mục chi nhánh, đơn vị phụ thuộc trên Thuế Số.
Câu hỏi thường gặp
Chi nhánh cùng tỉnh với trụ sở thì có phải khai thuế riêng không?
Đơn vị phụ thuộc cùng địa bàn cấp tỉnh với trụ sở thường được khai tập trung tại trụ sở, nhưng cách áp dụng cụ thể phụ thuộc loại thuế và quy định hiện hành. Sau khi sắp xếp còn 34 tỉnh, hãy kiểm tra lại địa bàn của chi nhánh trước khi xác định.
Chi nhánh có bắt buộc có tài khoản ngân hàng riêng không?
Không bắt buộc trong mọi trường hợp. Nếu mọi khoản thu chi đi qua tài khoản trụ sở thì vẫn vận hành được. Chi nhánh thu tiền tại chỗ nhiều thì tài khoản riêng giúp đối chiếu dễ hơn.
Chi nhánh hạch toán phụ thuộc có nộp báo cáo tài chính riêng không?
Chi nhánh hạch toán phụ thuộc không lập báo cáo tài chính riêng như một doanh nghiệp, số liệu được tổng hợp vào báo cáo của công ty. Chi nhánh hạch toán độc lập có yêu cầu riêng theo chế độ kế toán.
Hàng trụ sở chuyển cho chi nhánh có phải xuất hoá đơn không?
Tuỳ trường hợp: điều chuyển nội bộ để bán thường dùng chứng từ vận chuyển nội bộ, nhưng có trường hợp phải lập hoá đơn. Đọc quy định hiện hành về hoá đơn, chứng từ điện tử và thống nhất cách làm ngay từ lần giao đầu.
Đóng chi nhánh sau vài tháng có phức tạp không?
Cần hoàn tất nghĩa vụ thuế của chi nhánh trước khi chấm dứt hoạt động, xử lý hoá đơn, và làm thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số. Chi nhánh càng ít phát sinh riêng thì đóng càng gọn — một lý do nữa để chọn mô hình phụ thuộc lúc đầu.
Mở địa điểm kinh doanh thay vì chi nhánh có nhẹ hơn không?
Địa điểm kinh doanh có phạm vi hoạt động hẹp hơn chi nhánh và thường gắn với địa bàn nhất định theo Luật Doanh nghiệp. Chọn loại nào tuỳ nhu cầu ký hợp đồng, xuất hoá đơn và quản lý; nên hỏi kỹ trước khi đăng ký.
